U Mostaru se nalaze dva univerziteta tj. sveučilišta.
Sveučilište u Mostaru - (lat.Universitas studiorum Mostariensis) je drugo najveće sveučilište u Bosni i Hercegovini sa sjedištem u Mostaru, osnovano 1977. Jedino je sveučilište na hrvatskom jeziku izvan Hrvatske
Univerzitet "Džemal Bijedić" - osnovan je 11. februara1977.godine i djeluje kao državni univerzitet. Od 1993. godine dijeli se na dva univerziteta, od kojih jedan zadržava dotadašnje ime, ali ne i imovinu, dok drugi djeluje pod imenom Univerzitet u Mostaru (hrv. Sveučilište u Mostaru). Univerzitet se nalazi u Mostaru i sastoji se od osam fakulteta.