Geografski položaj
Mostar se nalazi na jugu Bosne i Hercegovine, točnije rečeno nalazi se u centru Hercegovine. Gradsko područje (Mostar i njegova okolina) se geografski može opisati kao čvorište sjeverne, zapadne i istočne Hercegovine. Kroz centar grada se proteže kanjon rijeke Neretve pa je Mostar poznat i pod nadimkom "grad na rijeci Neretvi". Izgradnjom brane za HE Mostar na rijeci nastala je akumulacija Mostarsko jezero.
Nastao je na prijelaznom području iz niskoga hercegovačkoga krša u planinsko područje, gdje je stari trgovački put iz zaleđa prelazio Neretvu i nastavljao se prema moru. Mostar je značajno prometno čvorište, koje nadopunjuje zračna luka. Jedinstvenu arhitektonsko-urbanu cjelinu čini dio nekadašnje čaršije s trgovinama, obrtničkim radionicama i sl. te prilaz veličanstvenomu, oko 20 m visokomu kamenom mostu iz 1566. (Stari most), koji je pod UNESCO-vom zaštitom.
U gradskom području (bivšoj općini) Mostar smještene su tri kotline. Na sjeveru je Bijelo polje, u kojoj je smještena većina sjevernih prigradskih naselja. U središtu je mostarska kotlina, u kojoj je smješten grad Mostar i većina zapadnih prigradskih naselja. Na jugu je Bišće polje, u kojoj je smještena većina južnih prigradskih naselja i mostarska industrijska zona. Bišće polje je lokalni naziv za spomenutu kotlinu, dok se na različitim zemljovidima koristi naziv Mostarsko polje.
Najpoznatija brda oko mostarske kotline su: Hum, Brkanovo Brdo, Galac, Orlovac, Mikuljača, Žovnica, Planinica i Fortica, a sam grad se nalazi na nadmorskoj visini 60-80 metara. Dvije najpoznatije planine koje se nalaze u blizini Mostara su Velež i Prenj. Kroz Mostar teku rijeke Neretva i Radobolja, a u njegovoj bližoj okolici nalaze se: Drežanjka, Buna, Bunica i Jasenica. Mostar je kao i većina hercegovačkih gradova veoma krševit.
Klima
Klima u Mostaru u posljednjih desetak godina primjetno se mijenja. Uopćeno govoreći, Mostar ima umjerenu sredozemnu klimu sa blažim, ali hladnim zimama (uz malo ili nimalo snijega) te veoma vrućim ljetima, kada temperature u hladu znaju iznositi i do 45 °C. Najviša ikad zabilježena temperatura u Mostaru izmjerena je 31. jula 1901, a iznosila je 46,2°C. Zbog toga je Mostar bio najtopliji grad u bivšoj Jugoslaviji, a danas u Bosni i Hercegovini. Prije izrazito sušna klima danas je sve vlažnija i vlažnija, što ljetne vrućine čini nesnosnima i često zrelima za proglašavanje elementarne nepogode. Uprkos tome, Mostar ipak ima ugodnu klimu pogodnu za uzgoj različitih vrsta voća. Jeseni i proljeća u Mostaru znaju biti izrazito kišoviti. U proljeće, kad nema kiše, Mostar izgleda najljepše, što je često znala biti inspiracija za mostarske pjesnike.